双槽超声波清洗机在清洗过程中，主要的清洗工作都在清洗槽中完成。清洗槽是一种容器，内盛清洗液和被清洗工件。一般被清洗工件不是直接放置清洗槽中，而是盛在的网孔框中，或者挂在支架上悬于清洗液中，以避免直接压在清洗槽底上。超声换能器通常采用胶直接粘在清洗槽底板上，或根据清洗要求粘在槽壁上。为提高清洗效果，清洗槽上可根据需要加装加热器和控温等辅助装置。
一般超声波清洗机清洗槽材质为不锈钢，有201、304、316三种，其中304不锈钢清洗槽的清洗机常见，该类材质的清洗槽是超声波的良好导体，并且有一定的耐酸碱性、耐热性较强、在大气中耐腐蚀性较强、成型性较好易于焊接和拉伸。316不锈钢材质的清洗槽多用于卫生级别较高的超声清洗设备，该类清洗槽防腐蚀性和耐酸碱性更强，和304不锈钢一样成形性能和可焊接性拉伸性好，符合国家GMP设备标准。201不锈钢的清洗槽多用于小型超声波清洗器和部分清洗槽的外壳，材质较304和316不锈钢材质的要差些。
尺寸大小是清洗槽的主要参数指标，清洗槽的大小对应换能器传递的声功率，清洗槽的容积越大需要的超声功率也越大。通常清洗槽的尺寸设计是根据清洗的需要来进行确定。针对大批量的清洗必须选用较大的清洗槽，恒温槽但如果选用的清洗槽过大又会造成功率的浪费。针对小型零件的小批量清洗就要选择较小尺寸的清洗槽，但是如果选用的清洗槽过小就会限制被清洗工件的尺寸和数量。
几何形状是超声清洗槽设计的关键。一般情况下，小型超声波清洗装置可采用圆形或正多边形，如六角形等。中等功率超声波清洗装置则采用方形。大型工业清洗线采用长方形清洗槽。
